Enterokokker er ikke under almindelige forhold en årsag til sygdom. Under ualmindelige forhold, for eksempel når man opholder sig på et hospital, er sagen imidlertid en anden.

Urinvejskatetre kan give anledning til enterokokinfektion i urinvejene; enterokokker kan give intraabdominal infektion, og enterokokker er også en årsag til endokarditis.

Enterokokker er naturligt ufølsomme overfor flere antibiotika, og de har også en træls tilbøjelighed til at erhverve resistens.

For eksempel binder de proteinbindendeproteiner, der findes i enterokokker, betalaktam-antibiotika med lav affinitet. Det betyder, at minimal inhibitory concentration er meget højere end for tilsvarende gram-positive kokker. En tilfældig googlesøgning på MIC for S. pneumoniae overfor penicillin G giver resultater under 0,06 μg/mL (ved følsomhed), mens man skal op i doser over mindst 2 μg/mL for at nå MIC med penicillin overfor E. faecalis.

Aminoglykosider (fx gentamicin) er heller ikke effektivt, fordi gentamicin dårligt penetrerer cellevæggen, og derfor har svært ved overhovedet at nå PBP.

Det giver problemer, når man behandler patienter med fx bredspektrede antibiotika: Man giver enterokokker en kompetitiv fordel, når en meget stor del af andre bakterier slås ned af fx piperacillin/tazobactam.

DANMAP overvåger enterokokresistens overfor udvalgte antibiotika i isolater efter invasiv sygdom, herunder:

• Ampicillin: Stort set alle E. faecalis var følsomme (99,8 % følsomme), mens stort set alle faecium var ufølsomme (93,1 % ufølsomme).
• Vancomycin: Alle E. faecalis var følsomme, 11,3 % af E. faucium var ufølsomme. Den sidste kategori tilhører de vancomycin-resistente enterokokker, VRE.